個(gè)人簡(jiǎn)介：
現(xiàn)任中山大學(xué)附屬第七醫(yī)院副研究員，碩士生導(dǎo)師。約翰霍普金斯醫(yī)學(xué)院博士后，從事生命科學(xué)研究10年有余，在生物信息學(xué)、癌基因組學(xué)、表觀遺傳學(xué)和單細(xì)胞的個(gè)性化醫(yī)療研究方面取得非凡的研究成果。擁有卓越的算法編程設(shè)計(jì)和邏輯思考能力，尤其擅長(zhǎng)復(fù)雜問題的算法設(shè)計(jì)、深度學(xué)習(xí)和基因組/蛋白質(zhì)組大數(shù)據(jù)的分析建庫(kù)和預(yù)測(cè)建模。
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教育背景：
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?2005/09-2014/06??華中科技大學(xué) 本碩博連讀
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博士研究生國(guó)家獎(jiǎng)學(xué)金獲得者、1項(xiàng)華中科學(xué)大學(xué)技術(shù)創(chuàng)新基金的負(fù)責(zé)人、2項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金的主要參與者：碩博連讀期間，成功主持生命科學(xué)技術(shù)創(chuàng)新項(xiàng)目1項(xiàng)和主要參與2項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金支持的項(xiàng)目。這些項(xiàng)目圍繞區(qū)別于傳統(tǒng)基因組學(xué)的表觀遺傳學(xué)進(jìn)行系統(tǒng)而有針對(duì)的研究，全面闡釋了蛋白質(zhì)翻譯后修飾在各種疾病通路中的重要作用。
1.2021, 主持，國(guó)家自然科學(xué)青年基金(編號(hào): 32100434; 經(jīng)費(fèi): ￥240,000): scATAC-seq與scRNA-seq組合下各疾病組織或細(xì)胞增強(qiáng)子與其靶向基因的生物信息學(xué)分析
2.2013, 主持，華中科學(xué)大學(xué)技術(shù)創(chuàng)新基金(編號(hào): CXY12Q035; 經(jīng)費(fèi): ￥15,000):泛素和類泛素化在復(fù)雜疾病中的功能預(yù)測(cè)
3.2012, 參加，國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):31171263; 經(jīng)費(fèi): ￥600,000):蛋白質(zhì)翻譯后修飾中泛素化的功能研究
4.2011, 參加，國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):81272578; 經(jīng)費(fèi): ￥800,000):磷酸化等蛋白質(zhì)翻譯后修飾的底物位點(diǎn)預(yù)測(cè)
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工作經(jīng)歷：
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（1）2014/09-2020/09??約翰霍普金斯大學(xué)醫(yī)學(xué)院??博士后
? ? ? ?多項(xiàng)美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院 (NIH) 授予項(xiàng)目的重要參與者：博后五年多時(shí)間，成功參與美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院授予的5個(gè)項(xiàng)目，累積經(jīng)費(fèi)近170萬(wàn)美元。該5個(gè)項(xiàng)目針對(duì)常見疾病尤其是眼部疾病等，在DNA單元調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、轉(zhuǎn)錄組、表觀遺傳組以及單細(xì)胞基因組等多種層面和角度上進(jìn)行系統(tǒng)而深入的研究，包含生物信息學(xué)的復(fù)雜算法、深度學(xué)習(xí)和分析。
? ? ? ?1.2015, NIH grant (編號(hào):EY024580; 經(jīng)費(fèi): $357,210):Differential Regulatory Networks in Disease: Application to Macular Degeneration
? ? ? ?2.2015, NIH grant (編號(hào):GM111514;經(jīng)費(fèi): $344,250): Epigenetics-mediated transcription regulation in mammals
? ? ? ?3.2016, NIH grant (編號(hào): EY023188;經(jīng)費(fèi): $368,057): Integrative Analyses of Eye Disease Using Genetic and Epigenetic Datasets
? ? ? ?4.2018, NIH grant (編號(hào): EY029548; 經(jīng)費(fèi): $409,375): Computational Tools for Single Cell Analysis: Application to Retinal Degeneration
? ? ? ?5.2018, NIH grant (編號(hào):EY001765; 經(jīng)費(fèi): $209,438): Bioinformatics Module
（2）2020/09-今??中山大學(xué)附屬第七醫(yī)院 副研究員 碩士生導(dǎo)師
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顯著研究成果：
? ? ?生物醫(yī)學(xué)工程和生物信息學(xué)領(lǐng)域資深學(xué)者，將生物信息學(xué)和生物醫(yī)學(xué)、生物統(tǒng)計(jì)學(xué)、分子生物學(xué)以及計(jì)算機(jī)科學(xué)系統(tǒng)有機(jī)的結(jié)合起來(lái)，從微觀到表觀全面闡述了各種疾病的發(fā)病機(jī)制和原理，從靶向基因治療、免疫治療以及表觀遺傳學(xué)治療等多種層面上為疾病的藥物靶點(diǎn)設(shè)計(jì)提供了重要的參考。相關(guān)成果發(fā)表在跟生物信息學(xué)算法、軟件以及數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)的國(guó)際頂級(jí)期刊Nucleic Acids Research, Bioinformatics和PLOS Computational Biology，其中表觀遺傳學(xué)的泛素化數(shù)據(jù)庫(kù)廣泛應(yīng)用于世界各地，擁有超過146萬(wàn)的獨(dú)立用戶瀏覽量。
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豐富的算法、數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)：
? ? ?10年的生物信息學(xué)研究，在各種生物學(xué)問題的解決中積累了非常多的算法經(jīng)驗(yàn)，諸如序列比對(duì)、隱馬可夫模型構(gòu)建、蛋白質(zhì)位點(diǎn)預(yù)測(cè)、無(wú)監(jiān)督機(jī)器學(xué)習(xí)、深度學(xué)習(xí)、降維以及話題模型分析等等。并以此對(duì)很多生物學(xué)問題進(jìn)行深度分析并構(gòu)建了數(shù)據(jù)庫(kù)或預(yù)測(cè)軟件。
前沿研究：
? ? ?在癌癥相關(guān)的單細(xì)胞表觀組測(cè)序 (ATAC-seq) 大數(shù)據(jù)中，深度學(xué)習(xí)AI智能算法可成功地對(duì)數(shù)量龐大 (幾萬(wàn)或十幾萬(wàn)) 的不同單細(xì)胞進(jìn)行精準(zhǔn)分類，成功找出具有癌特性的細(xì)胞分組并找出相關(guān)的癌特異性高表達(dá)基因。該項(xiàng)目可用于醫(yī)療中的早期癌癥診斷，對(duì)早期腫瘤組織中的癌細(xì)胞鑒定準(zhǔn)確率可達(dá)到99%，目前已完成算法的設(shè)計(jì)，準(zhǔn)備寫論文。
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榮譽(yù)和獎(jiǎng)勵(lì):
（1）? 華中科技大學(xué)生命科學(xué)院第七屆年度學(xué)術(shù)會(huì)議優(yōu)秀博士生報(bào)告? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2014年
（2）博士研究生國(guó)家獎(jiǎng)學(xué)金(獎(jiǎng)金3萬(wàn),華中科技大學(xué)生命科學(xué)院15位博士獲獎(jiǎng)?wù)咧?? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2013年
（3）? 香港Gordon翻譯后修飾網(wǎng)絡(luò)研究會(huì)議論壇的特殊支持資金(700美金, 10%參與者獲得此資助)? ? ?2013年
（4）中國(guó)科學(xué)院武漢水生所第四屆青年科學(xué)家論壇二等獎(jiǎng)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2013年? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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科研論文：
- 1.?Gao T#*, Zheng Z, Pan Y, Zhu C, Wei F, Yuan J, Sun R, Fang S, Wang N, Zhou Y, Qian J. scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species. Nucleic Acids Res. 2021 Nov 11.( IF=16.97).
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- 2. Ullah S#*, Ullah A, Rahman W, Ullah F, Khan SB, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. An innovative user-friendly platform for Covid-19 pandemic databases and resources. Comput Methods Programs Biomed Update. 2021.
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- 3. Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. LDBPR: Latest Database of Protein, Research. Journal of Bioinformatics and Systems Biology. 2021. IF=4,2.
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- 4.?Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. DBHR: A collection of DataBases relevant to Human Research. Future Science OA. 2022. IF=2.61.
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- 5.?Semba RD, Zhang P, Dufresne C, Gao T, Al-Jadaan I, Craven ER, Qian J, Edward DP, Mahale A. Primary angle closure glaucoma is characterized by altered extracellular matrix homeostasis in the iris. Proteomics Clin Appl. 2021. (F=3.494)
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- 6.?Yang Leng, Shiying Dang, Fei Yin, Tianshun Gao, Xing Xiao, Yi Zhang, Lin Chen, Changfei Qin, Nannan Lai, Xiao-Yong Zhan, Ke Huang, Chuanming Luo, Yang Kang, Nan Wang, Yun Li, Yuhong Liang and Bihui Huang. GDPLichi: a DNA Damage Repair-Related Gene Classifier for Predicting Lung Adenocarcinoma Immune Checkpoint Inhibitors Response. Frontiers in Oncology. 2021. (F=6.244).
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- 7.?Malik D, Cao X, Sanchez JC, Gao T, Qian J, Montaner S, Sodhi A. Factors Associated With a Patient's Decision to Select a Cost-effective vs the Most Effective Therapy for Their Own Eye Disease. JAMA Network Open. 2021 Feb 1;4(2):e2037880. (IF=8.483)
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- 8.?Gao T, Qian J. EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with typical enhancer annotation in 600 tissue/cell types across nine species. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D58-D64. (IF=16.97)
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- 9.?Gao T, Qian J.EAGLE: an algorithm that utilizes small number of genomic features to predict tissue/cell type specific enhancer-gene interactions. Plos Computational Biology. 2019, 15(10): e1007436. (IF=4.475)
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- 10.?ChenB, Gao T, Huang S, Yuan W, Zhao W, Wang T, Wu J. Prognostic value of survival of miRNAs signatures in non-small cell lung cancer. Journal of Cancer. 2019; 10(23):5793-5804.(IF:4.207)
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- 11.?Gao T, He B, Liu S, Zhu H, Tan K, Qian J. EnhancerAtlas: a resource for enhancer annotation and analysis in 105 human cell/tissue types. Bioinformatics. 2016 Dec 1;32(23):3543-3551.(IF:6.937)
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- 12. Pan Z, Liu Z, Cheng H, Wang Y, Gao T, Ullah S, Ren J, Xue Y. Systematic analysis of the in situ crosstalk of tyrosine modifications reveals no additional natural selection on multiply modified residues. Sci Rep. 2014 Dec 5;4:7331.(IF=4.379)
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- 13. Gao T, Liu Z, Wang Y, Cheng H, Yang Q, Guo A, Ren J, Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation. Nucleic Acids Research, 2013 Jan;41:D445-51. (IF=16.97)
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- 14.?Liu Z, Wang Y, Gao T, Pan Z, Cheng H, Yang Q, Cheng Z, Guo A, Ren J, Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(1):D531-6.(IF=16.97)
? - 15.?Wang Y, Liu Z, Cheng H, Gao T, Pan Z, Yang Q, Guo A, Xue Y. EKPD: a hierarchical database of eukaryotic protein kinases and protein phosphatases. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D496-502. (IF=16.97)
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- 16.?Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PLoS One. 2012;7(3):e33884.(IF:2.776)
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- 17.?Wang Y, Dai Z, Cheng H, Liu Z, Pan Z, Deng W, Gao T, Li X, Yao Y, Ren J, Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China. Sci Rep. 2013 Jul 30;3:2318. (IF=4.379)
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- 18.?Gao T, Liu Z,Wang Y and Xue Y. (2013) Ubiquitin and Ubiquitin-Like Conjugations in Complex Diseases: A Computational Perspective. Bioinformatics for Diagnosis, Prognosis and Treatment of Complex Diseases, Springer Netherlands, ISBN: 978-94-007-7974-7 (Print) 978-94-007-7975-4.
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國(guó)際期刊的審稿經(jīng)歷：
? ? ?作為主要審稿人在Briefings in Bioinformatics, Molecular oncology, Bioinformatics, Scientific Reports, Frontiers in Oncolog, Journal of Genetics and Genomics以及Genomics?Proteomics and Bioinformatics等國(guó)際權(quán)威雜志上審稿有21篇。
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