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高天順
碩士生導師、副研究員

個人簡介：

現(xiàn)任中山大學附屬第七醫(yī)院副研究員，碩士生導師。約翰霍普金斯醫(yī)學院博士后，從事生命科學研究10年有余，在生物信息學、癌基因組學、表觀遺傳學和單細胞的個性化醫(yī)療研究方面取得非凡的研究成果。擁有卓越的算法編程設計和邏輯思考能力，尤其擅長復雜問題的算法設計、深度學習和基因組/蛋白質組大數(shù)據的分析建庫和預測建模。

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教育背景：

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?2005/09-2014/06??華中科技大學 本碩博連讀

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博士研究生國家獎學金獲得者、1項華中科學大學技術創(chuàng)新基金的負責人、2項國家自然科學基金的主要參與者：碩博連讀期間，成功主持生命科學技術創(chuàng)新項目1項和主要參與2項國家自然科學基金支持的項目。這些項目圍繞區(qū)別于傳統(tǒng)基因組學的表觀遺傳學進行系統(tǒng)而有針對的研究，全面闡釋了蛋白質翻譯后修飾在各種疾病通路中的重要作用。

1.2021, 主持，國家自然科學青年基金(編號: 32100434; 經費: ￥240,000): scATAC-seq與scRNA-seq組合下各疾病組織或細胞增強子與其靶向基因的生物信息學分析
2.2013, 主持，華中科學大學技術創(chuàng)新基金(編號: CXY12Q035; 經費: ￥15,000):泛素和類泛素化在復雜疾病中的功能預測
3.2012, 參加，國家自然科學基金(編號:31171263; 經費: ￥600,000):蛋白質翻譯后修飾中泛素化的功能研究
4.2011, 參加，國家自然科學基金(編號:81272578; 經費: ￥800,000):磷酸化等蛋白質翻譯后修飾的底物位點預測

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工作經歷：

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（1）2014/09-2020/09??約翰霍普金斯大學醫(yī)學院??博士后

? ? ? ?多項美國國立衛(wèi)生研究院 (NIH) 授予項目的重要參與者：博后五年多時間，成功參與美國國立衛(wèi)生研究院授予的5個項目，累積經費近170萬美元。該5個項目針對常見疾病尤其是眼部疾病等，在DNA單元調控網絡、轉錄組、表觀遺傳組以及單細胞基因組等多種層面和角度上進行系統(tǒng)而深入的研究，包含生物信息學的復雜算法、深度學習和分析。

? ? ? ?1.2015, NIH grant (編號:EY024580; 經費: $357,210):Differential Regulatory Networks in Disease: Application to Macular Degeneration

? ? ? ?2.2015, NIH grant (編號:GM111514;經費: $344,250): Epigenetics-mediated transcription regulation in mammals

? ? ? ?3.2016, NIH grant (編號: EY023188;經費: $368,057): Integrative Analyses of Eye Disease Using Genetic and Epigenetic Datasets

? ? ? ?4.2018, NIH grant (編號: EY029548; 經費: $409,375): Computational Tools for Single Cell Analysis: Application to Retinal Degeneration

? ? ? ?5.2018, NIH grant (編號:EY001765; 經費: $209,438): Bioinformatics Module

（2）2020/09-今??中山大學附屬第七醫(yī)院 副研究員 碩士生導師

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顯著研究成果：

? ? ?生物醫(yī)學工程和生物信息學領域資深學者，將生物信息學和生物醫(yī)學、生物統(tǒng)計學、分子生物學以及計算機科學系統(tǒng)有機的結合起來，從微觀到表觀全面闡述了各種疾病的發(fā)病機制和原理，從靶向基因治療、免疫治療以及表觀遺傳學治療等多種層面上為疾病的藥物靶點設計提供了重要的參考。相關成果發(fā)表在跟生物信息學算法、軟件以及數(shù)據庫相關的國際頂級期刊Nucleic Acids Research, Bioinformatics和PLOS Computational Biology，其中表觀遺傳學的泛素化數(shù)據庫廣泛應用于世界各地，擁有超過146萬的獨立用戶瀏覽量。

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豐富的算法、數(shù)據庫和軟件設計經驗：

? ? ?10年的生物信息學研究，在各種生物學問題的解決中積累了非常多的算法經驗，諸如序列比對、隱馬可夫模型構建、蛋白質位點預測、無監(jiān)督機器學習、深度學習、降維以及話題模型分析等等。并以此對很多生物學問題進行深度分析并構建了數(shù)據庫或預測軟件。

前沿研究：

? ? ?在癌癥相關的單細胞表觀組測序 (ATAC-seq) 大數(shù)據中，深度學習AI智能算法可成功地對數(shù)量龐大 (幾萬或十幾萬) 的不同單細胞進行精準分類，成功找出具有癌特性的細胞分組并找出相關的癌特異性高表達基因。該項目可用于醫(yī)療中的早期癌癥診斷，對早期腫瘤組織中的癌細胞鑒定準確率可達到99%，目前已完成算法的設計，準備寫論文。

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榮譽和獎勵:

（1）? 華中科技大學生命科學院第七屆年度學術會議優(yōu)秀博士生報告? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2014年

（2）博士研究生國家獎學金(獎金3萬,華中科技大學生命科學院15位博士獲獎者之一)? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2013年

（3）? 香港Gordon翻譯后修飾網絡研究會議論壇的特殊支持資金(700美金, 10%參與者獲得此資助)? ? ?2013年

（4）中國科學院武漢水生所第四屆青年科學家論壇二等獎? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?2013年? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?

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科研論文：

  1. 1.?Gao T#*, Zheng Z, Pan Y, Zhu C, Wei F, Yuan J, Sun R, Fang S, Wang N, Zhou Y, Qian J. scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species. Nucleic Acids Res. 2021 Nov 11.( IF=16.97).
  2. ?
  3. 2. Ullah S#*, Ullah A, Rahman W, Ullah F, Khan SB, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. An innovative user-friendly platform for Covid-19 pandemic databases and resources. Comput Methods Programs Biomed Update. 2021.
  4. ?
  5. 3. Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. LDBPR: Latest Database of Protein, Research. Journal of Bioinformatics and Systems Biology. 2021. IF=4,2.
  6. ?
  7. 4.?Ullah S#*, Rahman W, Ullah F, Ahmad G, Ijaz M, Gao T*. DBHR: A collection of DataBases relevant to Human Research. Future Science OA. 2022. IF=2.61.
  8. ?
  9. 5.?Semba RD, Zhang P, Dufresne C, Gao T, Al-Jadaan I, Craven ER, Qian J, Edward DP, Mahale A. Primary angle closure glaucoma is characterized by altered extracellular matrix homeostasis in the iris. Proteomics Clin Appl. 2021. (F=3.494)
  10. ?
  11. 6.?Yang Leng, Shiying Dang, Fei Yin, Tianshun Gao, Xing Xiao, Yi Zhang, Lin Chen, Changfei Qin, Nannan Lai, Xiao-Yong Zhan, Ke Huang, Chuanming Luo, Yang Kang, Nan Wang, Yun Li, Yuhong Liang and Bihui Huang. GDPLichi: a DNA Damage Repair-Related Gene Classifier for Predicting Lung Adenocarcinoma Immune Checkpoint Inhibitors Response. Frontiers in Oncology. 2021. (F=6.244).
  12. ?
  13. 7.?Malik D, Cao X, Sanchez JC, Gao T, Qian J, Montaner S, Sodhi A. Factors Associated With a Patient's Decision to Select a Cost-effective vs the Most Effective Therapy for Their Own Eye Disease. JAMA Network Open. 2021 Feb 1;4(2):e2037880. (IF=8.483)
  14. ?
  15. 8.?Gao T, Qian J. EnhancerAtlas 2.0: an updated resource with typical enhancer annotation in 600 tissue/cell types across nine species. Nucleic Acids Res. 2020 Jan 8;48(D1):D58-D64. (IF=16.97)
  16. ?
  17. 9.?Gao T, Qian J.EAGLE: an algorithm that utilizes small number of genomic features to predict tissue/cell type specific enhancer-gene interactions. Plos Computational Biology. 2019, 15(10): e1007436. (IF=4.475)
  18. ?
  19. 10.?ChenB, Gao T, Huang S, Yuan W, Zhao W, Wang T, Wu J. Prognostic value of survival of miRNAs signatures in non-small cell lung cancer. Journal of Cancer. 2019; 10(23):5793-5804.(IF:4.207)
  20. ?
  21. 11.?Gao T, He B, Liu S, Zhu H, Tan K, Qian J. EnhancerAtlas: a resource for enhancer annotation and analysis in 105 human cell/tissue types. Bioinformatics. 2016 Dec 1;32(23):3543-3551.(IF:6.937)
  22. ?
  23. 12. Pan Z, Liu Z, Cheng H, Wang Y, Gao T, Ullah S, Ren J, Xue Y. Systematic analysis of the in situ crosstalk of tyrosine modifications reveals no additional natural selection on multiply modified residues. Sci Rep. 2014 Dec 5;4:7331.(IF=4.379)
  24. ?
  25. 13. Gao T, Liu Z, Wang Y, Cheng H, Yang Q, Guo A, Ren J, Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation. Nucleic Acids Research, 2013 Jan;41:D445-51. (IF=16.97)
  26. ?
  27. 14.?Liu Z, Wang Y, Gao T, Pan Z, Cheng H, Yang Q, Cheng Z, Guo A, Ren J, Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(1):D531-6.(IF=16.97)
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  28. 15.?Wang Y, Liu Z, Cheng H, Gao T, Pan Z, Yang Q, Guo A, Xue Y. EKPD: a hierarchical database of eukaryotic protein kinases and protein phosphatases. Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D496-502. (IF=16.97)
  29. ?
  30. 16.?Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PLoS One. 2012;7(3):e33884.(IF:2.776)
  31. ?
  32. 17.?Wang Y, Dai Z, Cheng H, Liu Z, Pan Z, Deng W, Gao T, Li X, Yao Y, Ren J, Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China. Sci Rep. 2013 Jul 30;3:2318. (IF=4.379)
  33. ?
  34. 18.?Gao T, Liu Z,Wang Y and Xue Y. (2013) Ubiquitin and Ubiquitin-Like Conjugations in Complex Diseases: A Computational Perspective. Bioinformatics for Diagnosis, Prognosis and Treatment of Complex Diseases, Springer Netherlands, ISBN: 978-94-007-7974-7 (Print) 978-94-007-7975-4.

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國際期刊的審稿經歷：

? ? ?作為主要審稿人在Briefings in Bioinformatics, Molecular oncology, Bioinformatics, Scientific Reports, Frontiers in Oncolog, Journal of Genetics and Genomics以及Genomics?Proteomics and Bioinformatics等國際權威雜志上審稿有21篇。

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